E’ la capillare organizzazione territoriale il vero cuore pulsante della CONFAPI. Centro e motore di sviluppo della Confederazione sono le associazioni provinciali presenti su tutto il territorio nazionale. L’Associazione territoriale ha lo scopo di garantire il coordinamento, la promozione e lo sviluppo della rappresentanza delle CONFAPI locali in ambito regionale.

L’organizzazione territoriale svolge la propria attività in autonomia strutturale, finanziaria e amministrativa e cura in modo diretto il rapporto con le aziende associate, offrendo servizi di tutela, assistenza e consulenza; la rappresentanza politica nei confronti delle istituzioni; la promozione e la costituzione di strutture associative volte a fornire sempre nuovi servizi.

Per tutelare gli interessi settoriali e sostenere le politiche a favore delle diverse “anime” industriali di cui è composta la platea delle imprese associate, CONFAPI è articolata in Unioni di categoria. Inoltre, alla Confederazione possono aderire Associazioni nazionali di categoria formate da imprese non necessariamente associate.

Le Unioni e le Associazioni stipulano i contratti collettivi di lavoro con le rispettive Federazioni sindacali, mentre la CONFAPI stipula accordi interconfederali con le Confederazioni sindacali CGIL, CISL, UIL per tutto il settore industriale.